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clinical-bigdata

clinical-bigdata/ ╰── docker-compose.yml ← Docker 服务定义（PostgreSQL + MLflow） ╰── .env.example ← 环境变量模板（密码、路径配置） ╰── Makefile ← 常用命令入口（make up / make load-data 等） ╰── cohort_config.yaml ← 队列注册配置（即插即用式添加新队列） ╰── Modelfile ← Ollama 自定义模型配置 ╰── design_progress.json ← 设计进度数据（7 阶段 37 项工作） ╰── update_progress.py ← 进度评估脚本（自动刷新 HTML） ╰── .gitignore ৅─────────── ╰── docker/ ← Docker 子配置 ৆ ╰── postgres/ PostgreSQL 容器专属配置 ৆ └── mlflow/ MLflow 容器专属配置 ৆ ╰── docs/ ← 技术文档与 Web 界面 ৆ ╰── 需求文档.md 需求规格说明书 ৆ ╰── architecture.md 系统架构（Mermaid 图、数据流、模块关系） ৆ ╰── deployment_guide.md 部署指南（Docker、PG 调优、数据导入） ৆ ╰── developer_guide.md 开发者文档（Python 类设计、SQL 模板、AI Agent） ৆ ╰── data_dictionary.md 临床数据字典（MIMIC-IV 核心变量速查） ৆ ╰── setup-wizard.html 部署向导（可视化配置生成器） ৆ └── Web/ ৆ ╰── medresearch-dashboard.html 管理仪表板 ৆ ╰── medresearch-demo.html AI 功能演示 ৆ └── medresearch-platform.html 完整平台界面 ৆ ╰── sql/echo/ ← 超声心动图相关 SQL ৆ ╰── create_echo_tables.sql 超声心动图表 DDL（建表语句） ৆ └── load_echo_data.sql 超声数据 COPY 导入脚本 ৆ ╰── dbt_clinical/ ← dbt SQL 转换项目 ৆ ╰── dbt_project.yml dbt 项目配置 ৆ ╰── profiles.yml.example 数据库连接配置模板 ৆ └── models/ ৆ ╰── staging/ stg_patients / stg_admissions / stg_icustays / stg_echo_records ৆ ╰── intermediate/ int_echo_within_24h（ICU 24h 内超声） ৆ └── marts/ sepsis3_cohort / sepsis3_echo_cohort_24h（最终队列） ৆ ╰── scripts/ ← Shell 运维脚本 ৆ ╰── setup_db.sh 创建数据库 schema ৆ ╰── load_mimic_data.sh 批量加载 MIMIC-IV CSV（耗时 4-8h） ৆ ╰── build_concepts.sh 构建物化视图（SOFA、Sepsis3 等） ৆ └── backup_db.sh pg_dump 定时备份 ৆ └── src/ ← Python 分析包 ╰── pyproject.toml 包定义 ╰── requirements.txt Python 依赖 ╰── notebooks/ ← Jupyter 分析模板 ৆ └── 01_sepsis3_echo_analysis.py Sepsis-3 + 超声队列完整分析流程 ╰── tests/ ← 单元测试 ৆ └── test_clinical_data.py 队列/预处理/统计模块测试 └── clinical_data/ ╰── config.py Pydantic 配置管理（从 .env 加载） ╰── db.py SQLAlchemy 数据库连接（连接池、单例） ╰── cohort.py 队列提取器（参数化 SQL） ╰── preprocessing.py 数据预处理（缺失值、异常值、编码） ╰── statistics.py 统计分析（Table 1、组间比较） ╰── survival.py 生存分析（Cox PH、KM 曲线、Log-rank） ╰── regression.py 逻辑回归 + VIF + AUC ╰── visualization.py 可视化（KM 曲线、森林图、ROC） ╰── ai_agents/ ← 本地 AI Agent 模块（系统核心入口） ৆ ╰── orchestrator.py ResearchOrchestrator — 全自动研究编排器 ৆ ╰── llm_client.py Ollama 客户端封装（重试、超时、流式） ৆ └── prompts.py Prompt 模板（SQL 生成、报告、文献解读） ╰── cohorts/ ← 队列定义子包（可插拔架构） ৆ ╰── base.py CohortTemplate 抽象基类 ৆ ╰── sepsis3.py Sepsis-3 + 超声队列 ৆ ╰── ards.py ARDS Berlin 标准队列 ৆ └── aki.py AKI KDIGO 标准队列 └── imaging/ ← 影像 AI 模块（新增） ╰── dicom_loader.py DICOM 加载与 PyTorch Dataset ╰── model.py EchoClassifier（MONAI/ResNet） ╰── train.py 训练流程 + MLflow ╰── gradcam.py Grad-CAM 热力图可解释性 └── gradio_app.py Gradio Web 交互演示 ╰── xai/ ← XAI 可解释性模块（新增） ╰── explainer.py SHAP 特征重要性 + 瀑布图 ╰── report.py LLM 自然语言预测解释 ╰── cohort_explainer.py 队列统计显著性解读 └── imaging_bridge.py Grad-CAM 临床报告桥接